L’influenza ha di solito un esordio brusco e si manifesta con febbre e brividi di freddo, mal di testa, dolori muscolari diffusi (le cosiddette “ossa rotte”), marcata spossatezza, mal di gola, raffreddore e tosse. A volte coesistono vomito e diarrea. Spesso i sintomi respiratori (come raffreddore, mal di gola e tosse) diventano più evidenti nei giorni immediatamente successivi. Ma in alcuni bambini l’influenza si manifesta come un malattia febbrile con pochi sintomi respiratori. Tipicamente rimane una marcata sensazione di stanchezza o malessere anche per parecchi giorni.

Un elemento caratterizzante dell'influenza è la tracheite, cioè l'infiammazione della trachea (la parte delle vie respiratorie compresa fra la gola e i bronchi); essa causa una tosse secca, molto rumorosa, profonda, con un timbro quasi metallico, spesso definita come "un cane che abbaia" oppure "un suono di corno". La tosse della tracheite si manifesta con attacchi subentranti, che possono portare anche al vomito; un elemento che permette di individuarla è il dolore in mezzo al petto, come un bruciore che si accentua quando il paziente ha accessi continui di tosse. Essa può persistere per molti giorni dopo la fase acuta iniziale e riacutizzarsi a causa di agenti irritanti, quali il fumo.

Oltre alla tosse, il sintomo più frequente e importante è il malessere generale, con uno stato di debolezza, dolori muscolari e mal di testa. La febbre di solito è molto alta e si prolunga per 2 o 3 giorni. Spesso sono presenti la rinite, cioè raffreddore con naso chiuso e secrezione acquosa, la faringite, cioè infiammazione della gola con dolore alla deglutizione e la congiuntivite, con occhi arrossati e lacrimanti. Qualche volta, ma non in maniera costante, sono presenti anche sintomi a carico dell'apparato digerente: vomito (anche in relazione con le crisi di tosse) e diarrea.

I sintomi dell'influenza, presi uno per uno, sono comuni a molte altre malattie virali del periodo invernale. Ciò che rende l'influenza facilmente individuabile è il fatto che coinvolge di solito più persone all'interno della stessa famiglia o dello stesso ambiente lavorativo, soprattutto nel periodo delle feste natalizie o subito dopo.

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